持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导的勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之神奇宝贝“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，“迷之神奇宝贝”路卡利欧数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！带者所有谜团，小智与路卡利欧一起朝向世界初始之树开始了冒险。