一张古老的星际地图，上面标记着精灵图鉴上所未知的特异精灵，吸引了两艘赛尔号飞船。
小墨是赛尔号飞船上一名小小的机械师，并不热衷于星际探险和通过战斗收集精灵；但机缘巧合之下他成却为了拯救赛尔号的英雄……
罗杰船长为了寻找传说中的特异精灵，无意中发现了一艘全部漆成黑色的赛尔号；打算把特异精灵"拍成"照片的黑色赛尔号利用可复制任何能力无限分裂的机械精灵击败了拍照片的赛尔号，所有的战士包括传奇精灵"雷伊"和舰长罗杰都成为了海盗美利图的俘虏。
宇宙海盗势力浮出水面，佐格和艾里逊现身，又是接受了谁的指使？当赛尔号飞船