魔仙们打败古娜拉黑暗之神之后，魔仙堡所发生的第二次危机——魔仙堡能量被巫神所蚕食，彩虹之花即将凋落，魔仙堡将要被摧毁。只有找到传说的彩虹心石，并让彩虹心石重新收集到所需的能量之后，才可以化解掉这场危机。为了化解这场魔仙堡历史上最大的危机，小蓝、小千、青青老师和游乐王子带着人类世界的两位小魔仙——美琪和美雪，再一次在人类世界中，与巫神和他的使者们开始了殊死的争斗。最终，魔仙们联合起来打败了巫神，使魔仙堡的危机得以化解，魔仙堡重回一片和谐。