故事发生在在每千年回归一次的彗星造访地球的一个月之前，地点在日本飞驒市的乡下小镇糸守町。三叶是一个充满忧郁的高中生，她烦恼着担任镇长的父亲所举行的选举活动，和家传神社的古老传统。为此三叶对于大都市充满了憧憬。就在某一天，自己梦见变成了男孩子，并且来到了一直向往的东京，这里有着陌生的房间、陌生的朋友。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了相似的梦，他在一个从未去过的深山小镇中变成了女高中生。两人就这样在梦中互换身体邂逅了彼此。