多么幸运啊！柯南、光彦、步美、元太获选能够登上海上自卫队宙斯盾军舰“帆高号”做一次航海体验之旅。在阳光明媚的日子里，他们在毛利小五郎、小兰、园子的陪同下来到京都。古老的京都，小吃美酒吸引了四方宾客，但对孩子们来说，雄伟的军舰也许更具吸引力。小兰慕名希望选购名产巧克力味点心，谁知各家的巧克力味点心同时消失，在商家中间引起莫大恐慌。就在此时，选购了名酒的小五郎进入点钟，他耐不住小兰和店家的央求，决定帮忙调查点心失踪事件。在柯南的暗中配合之下，京都老店点心消失之谜慢慢揭开……